A entrada no meio político aconteceu em 2008, durante a campanha municipal do Rio de Janeiro, quando integrou a equipe responsável por bolar o plano econômico do candidato verde Fernando Gabeira. Eduardo Paes acabou se elegendo prefeito e convidou Eduarda para chefiar sua secretaria de Fazenda. Um dos patrocinadores dessa indicação foi Joaquim Levy, que na época era secretário estadual de Fazenda no Rio.
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O governo era chefiado por Sérgio Cabral Filho, também do PMDB, como Paes. Foi normal que as duas administrações acabassem trocando figurinhas sobre um perfil para a secretaria municipal que dialogasse com o estadual.
Na secretaria municipal, ficou conhecida pela austeridade e pela inovação. Implantou o "Nota Carioca" para reduzir evasão fiscal. Mas chamou mais a atenção quando negociou um inédito empréstimo de US$ 1 bilhão com o Banco Mundial - volume inédito nos empréstimos da instituição -, que foi decisivo para que a cidade se recuperasse financeiramente e obtivesse grau de investimento dado por três agências internacionais de rating.
Em 2012, assumiu o comando do Instituto Pereira Passos, órgão da prefeitura do Rio, que tem as tarefas de planejamento urbano, produção cartográfica e de estatísticas do Rio.
Eduarda também atua na área do desenvolvimento sustentável e meio ambiente. Na sua página no Facebook, destacou a participação, em setembro, da caminhada pelo clima, em Nova York, junto com o secretário-geral das Nações Unidas, Ban Ki-moon.
Segundo sua postagem, "foi o maior protesto sobre o tema nos últimos cinco anos". Também destacou que "a movimentação foi para transformar a mudança climática de preocupação ambiental para um assunto de todos. Houve caminhadas como essa em mais 161 países - entre eles o Brasil." E postou uma foto segurando um cartaz com os dizeres "climate action now" (em português, ação climática agora).